按照整合集聚创新资源、加强协作开放共享、促进基础研究技术化、技术研究产业化的原则，联合企业，实施产、学、研结合的技术创新体系，建成“开放、流动、联合、竞争”的科研开发实体。实验室将按照河南省发展和改革委员会有关建设管理方法，建立管理委员会，并成立技术委员会，对实验室进行技术上的指导。机构设置（机构框图）如下图所示：

河南省应用微生物工程研究中心将实行工程中心管理委员会领导下的主任负责制，成立工程中心管理委员会和工程中心学术委员会，以及办公室、研发部、财务部、产品推广部等部门。中心主任、委员由组建单位推选产生。